Al llegar al monasterio de Santo Toribio de Liébana los nuevos fraies franciscanos de México que se van a hacer cargo de él, recordamos otro cambio. En 1457 llegaron los benedictinos reformistas de Valladolid y sustituyeron durante 35 años a los de Oña, un cambio que resultó decisivo para el fomento del culto al Lignum Crucis
En 1390, con el apoyo del rey Juan I, se había fundado en Valladolid un convento que, dentro de los benedictinos, pretendía extender una forma austerísima de vida religiosa, con una observancia estricta de la regla de San Benito. A partir de 1431 se difundió por otros monasterios, formando una congregación. Fue en febrero de 1457 cuando fray Juan de Santander fue nombrado prior del monasterio de Santo Toribio de Liébana para implantar esta observancia vallisoletana.
La llegada de fray Juan de Santander, acompañado por, entre otros, Fr. Pedro de Vileña y Fr. Martín de Miranda, se produce en un momento en el que el monasterio no debía pasar por sus mejores momentos ya que, según un documento que cita Ernesto Zaragoza, «estava destruida asy la casa como algunas de las heredades que tenya». Los nuevos frailes reformadores «fizieron la casa de nuevo y tornaron a cobrar las heredades perdidas... y (pusieron) diez o doce monjes».
Vemos, pues, que la llegada de los nuevos benedictinos relanzó al monasterio lebaniego y lo hizo también en otro sentido. Los benedictinos de Oña, que hasta entonces habían regido el monasterio, se habían centrado en el culto al cuerpo de Santo Toribio, conservado en él. Los nuevos van a promover el culto a la Cruz, al Lignum Crucis, hasta entonces relegado. A ello contribuyó también el hecho de que por aquellos años llegó al monasterio el obispo de León Pedro Cabeza de Vaca. No sabemos con exactitud cuándo estuvo allí pero sabemos que fue obispo entre 1448 y 1459 y cabe pensar que transcurrieran unos años desde su toma de posesión hasta su visita a uno de los territorios más alejados de su diócesis, como era Liébana, por lo que pudo muy bien producirse cuando ya estaban allí, llegados no mucho antes, los benedictinos vallisoletanos.
El caso es que el obispo Cabeza de Vaca vio las reliquias con que contaba el monasterio y «sacó la dicha Santa Cruz», promoviendo su culto, lo que encontró eco en los nuevos ocupantes del monasterio, de modo que procesiones y otras celebraciones que hasta entonces tenían por objeto el cuerpo de Santo Toribio pasaron a dirigirse al Lignum Crucis.
La presencia de estos monjes 'vallisoletanos' en Santo Toribio terminó en 1492 como consecuencia de una sentencia de la Rota romana que decretó que el monasterio lebaniego volviera a ser priorato del de Oña. La valoración que el historiador benedictino del siglo XVII Gregorio Argaiz hizo de este periodo fue muy positiva: «Aumentose mucho la devoción de los de la Provincia con este santuario, viendo el buen ejemplo con que se vivía, y por Concejos venían cada año en procesión, trayendo al Santo y a la Santa Cruz sus ofrendas, de a dos y tres leguas».
De la importancia que dieron estos benedictinos 'vallisoletanos' al Lignum Crucis es prueba el milagro, recogido en la Probanza del Jubileo de 1513, ocurrido en 1492, cuando tuvieron que abandonar el monasterio como consecuencia de la reseñada sentencia y pretendieron llevarse la Cruz con ellos, milagro que Argaiz cuenta así:
«Y fue que, viendo el fin del pleito, los Monjes que había en el Monasterio, profesos de San Benito el Real de Valladolid, quisieron llevarse el brazo de la Santísima Cruz, pareciéndoles que, sobre autorizar mucho a su Casa y a la Ciudad, sería más estimado aquel tesoro. Con este fin lo pusieron de noche en una acémila y un mozo para efectuarlo en más secreto y sin que la Provincia de Liébana lo supiera; pero llegando al lugar de Vendejo, último de todos para subir al puerto, se hizo aquella bestia tan innoble para dar paso adelante que ni con palos ni otros remedios la pudieron hacer que caminase adelante, sino solo volver siempre atrás. Cayó en la cuenta quien la llevaba. Volvió a Santo Toribio. Parecióle al Prior y cómplices que sabían el secreto, que Dios quería la llevasen con la debida decencia y volvió a enviarla con tres Monjes que la acompañasen. Llegaron con ella al mismo lugar de Vendejo, y al punto que quisieron caminar reventó la acémila, con que conocieron iba contra la voluntad de Dios.»
El relato, interpretado como que Dios quería que la Cruz permaneciera en Liébana, muestra esa predilección por el Lignum Crucis de estos monjes que durante los años que permanecieron en Liébana fomentaron su devoción y culto.
Los benedictinos de Oña, retornados en 1492, permanecieron en el monasterio lebaniego hasta la exclaustración de 1835. Desde esta fecha quedó abandonado hasta que en 1961 se hicieron cargo de él los franciscanos, que ahora lo dejan obligados por la falta de religiosos. Esperemos que los nuevos franciscanos, de una provincia mexicana, tengan tanta trascendencia en la vida del monasterio como la tuvieron aquellos benedictinos de Valladolid.